В 1993 г. актриса ушла из «Ленкома» и присоединилась к театру «Школа современной пьесы» (с 2023 г. – Театр на Трубной), который возглавлял ее однокурсник по ГИТИСу Иосиф Райхельгауз. По признанию Алферовой, на новом месте «почувствовала, что дышится легче». «Здесь больше свободы, больше возможностей пробовать новое», – отмечала она. Среди последних работ актрисы в театре – спектакли «Медведь» (2011) и «Ночь с незнакомцем» (2011), а также антрепризы «Самая самая», «Чего же хотят мужчины?», «Пижама для шестерых» и «За закрытой дверью». «Я вдруг поняла, что могу играть не только романтических героинь. Маша [из постановки «Медведь»] – женщина с характером, с юмором, с внутренней силой. Это был новый этап в моей актерской биографии», – говорила Алферова.